本剧根据真实案例改编取材自江苏南京市“方文瑞曹锦强涉黑案”
这是一座中国南方的大都市，似乎从它诞生之日起，就注定了它坎坷的命运，千百年来，这座城市经历了无数朝代的兴起和衰落，这里演绎了众多王侯将相的故事，发生过一幕幕风花雪月的悲欢，如今的它，已经成为一个典型的国际化大都市，它的名字叫南京。然而经济繁荣，城市高速发展的背后，一股黑恶势力也在涌动蔓延着，他们肆意践踏法律法规，滋扰残害群众，成为了这座古城中的“毒瘤”！
90年代末期，这里活跃着4个黑社会性质组织的团伙，分别为方文瑞团伙，以及绰号为“曹主任”“曹猴”的曹锦强团伙，鼓楼区的“大金刚”团伙，下关区（今并为鼓楼区）的魏勇团伙，四人均为两牢释放人员，出狱后不思悔改，重操旧业，称霸一方，他们为了争夺地盘，攫取非法利益，团伙之间，多次发生火拼，械斗，制造了一起起令人发指的血案，不久，南京市公安局牵起了一个代号为“901的扫黑除恶专项行动”，于是一场警匪较量，迅速展开。
1998年2月28日深夜，在秦淮区中山南路，发生了一起枪案，致使1人死亡，接警后，秦淮警方立即赶赴现场侦查，死者名叫孙某，过去也是道上一个混混，后来退隐多年，当天，因为替朋友出头，和对方谈判，没想到谈判破裂，对方直接开枪，正中孙某右眉心，而本起火拼事件的当事人刘某，外号小裁缝”，自案发后，已和妻不知去向！秦淮警方通过进一步侦查，终于从关系人口中得知其正藏身于浦口区，于是立即布控对其抓捕，很快，刘某在浦口落网，他交代，杀人者绰号“二虎”，本名王寿疆，是方文瑞麾下的头号杀手，为人心狠手辣， 已不是初次犯案了。为此，警方还走访了过去在平江饭店当保安队长的张勇，由于畏惧这帮人的手段，张勇对于自己右手受伤的情节，谎称是摔跌致残，经过秦淮警方的思想工作，他才交代了自己因为得罪方文瑞团伙，遭到报复所致。
原来，当时饭店来了几个小混混，索要保护费，自称是方文瑞手下，被他轰跑了，临走时，小混混撂下狠话，要他好看，原本张勇并没有当回事，没想到第二天早上，在电梯里，他被二虎等打手，砍成重伤，
这群人扬长而去！张勇则受伤倒地，鲜血不止，事后只能回家养伤。在动员会上，时任市公安局局长的吕庆继要求秦淮警方尽快查清影响恶劣的“228枪案”，而狡猾的方文瑞，起初打算送二虎去海南，不过在盟友，“曹猴”曹锦强的建议下，他决定将二虎召回灭口，以免他泄露“军机”，并派出杀手，前往火车站，结果他的性命，只不过“二虎”狡猾，在火车站溜走，潜逃去了泰州姜堰。这给警方的抓捕工作，也带来了困难！
正当“228枪案”即将线日，又一起枪案发生了，地点位于秦淮区的淮清桥附近的大世界里，死者名叫朱壁，身中两枪倒地，一枪正中左肘，一枪正中前胸，他是附近一家茶社的老板，30多岁才得儿子，当晚正在该饭店庆贺，正巧曹锦强团伙的得力大将刘玉康（外号，四哥）也在这里用餐，朱壁酒后失控，与刘玉康发生争执，刘玉康知会曹主任前来“援场”，很快，一辆苏A牌A4960黑色桑塔纳驶入淮清桥，朱壁手持菜刀，在门外等候，刘玉康出门，桑塔纳上下来的三人，
分别是曹锦强，叶祥林（外号，狼狗），陈少华(外号：小主任），曹锦强举枪朝着朱壁左肘射了一枪，没想到“狼狗”又对其前胸补了一枪，致使朱壁当场身亡，刘玉康得以逃脱，这一次，“曹猴”因为叶祥林的“鲁莽行事”，
觉得捅了大篓子，遂连夜前往扬州，随后又逃往杭州，最后去广东深圳藏匿。秦淮警方从一名女出租车司机处，获知了作案车辆的车牌，发现这台桑塔纳轿车，属于某歌厅老板赵立山，然而赵立山，却怕遭到报复，避而不见。
经过3个多月的努力，“228”枪案的元凶二虎，在泰州轮渡南京之时，被警方抓获。“二虎”到案后拒不交代，民警得知其86年入狱后，妻子便带着改嫁至无锡，二虎虽然作恶多端，却对女儿视同珍宝，遂利用亲情感化策略，希望“二虎”能够坦白从宽，考虑到方文瑞不仁在先，二虎决定向警方坦白，在二虎的交代下，警方获知了除“228枪案”后，方文瑞团伙涉嫌的多起犯罪活动，方文瑞团伙不仅向曼哈顿歌舞厅，红辰歌舞厅等娱乐场所索取保护费，还开设赌场，与“曹猴”团伙相互利用，又反目火并，二虎的归案坦白，使得方文瑞团伙彻底土崩瓦解，团伙成员及主犯方文瑞在南京等地相继落网，另外，歌厅老板赵立山终于答应见面，原来，自己的爱车一直被“曹猴”霸占，而他的遭遇，和张勇也是如出一辙，“曹猴”团伙的小混混来歌厅里，被弟弟赵立河和保安驱赶，1997年5月的一天，他在街上，被人“请”去和“曹主任”谈心，随即就传来弟弟赵立河被三名持刀歹徒连砍14刀致重伤，造成终身残疾的消息，赵立山向“曹主任”下跪求饶，并每个月缴纳保护费才完事！
通过深入调查，“曹主任”团伙在宁制造的20余起暴力伤害案渐渐浮出水面，7月6日，不可一世的南京“黑老大”曹锦强在粤落网，被押解回宁！在江苏省公安厅的指示下，南京市公安局牵头开展“9.01打黑行动”，对市辖区内的娱乐场所等地，展开地毯式搜捕，对鼓楼区的“大金刚”团伙及下关区的魏勇团伙实施严控打击，而随着方文瑞，曹锦强的落网，他们的团伙余孽，已纷纷投靠了魏勇或者大金刚团伙，11月29日，即使是在南京警方严打的时期，枪案还是再度发生，
地点位于浦口区的吉庆路天宝火锅城附近，死者身中数枪，部分殴斗人员重伤住院，趁此契机，南京警方一举歼灭了“大金刚”和“郭勇”两团伙！
随着四大团伙被彻底铲除，古都南京又恢复了往日的安宁。《打黑风暴之伏魔记》取材自90年代江苏南京市的四大涉黑团伙，这一集并没有隐去地名，所有案件，大多都是真实，只不过“曹猴”犯案后，并不是逃去了湖北武汉，而是潜逃去了杭州，深圳，这一点和事实有出入，2001年2月1日，经南京市中级人民法院宣判，曹锦强因犯故意杀人罪等罪数罪并罚，判处死刑，剥夺权利终身！2002年6月5日，王寿疆被判处死刑，因为有重大立功表现，缓期两年执行（所以没有直接被判处死刑），方文瑞获刑超10年！
